%0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2022 %T MetaNetwork Enhances Biological Insights from Quantitative Proteomics Differences by Combining Clustering and Enrichment Analyses %A Carr, A. V. %A Frey, B. L. %A Scalf, M. %A Cesnik, A. J. %A Rolfs, Z. %A Pike, K. A. %A Yang, B. %A Keller, M. P. %A Jarrard, D. F. %A Shortreed, M. R. %A Smith, L. M. %B Journal of Proteome Research %V 21 %P 410-419 %8 Feb %@ 1535-3893 %G eng %M WOS:000752365700010 %R 10.1021/acs.jproteome.1c00756 %0 Journal Article %J Iscience %D 2021 %T Proteomic pathways to metabolic disease and type 2 diabetes in the pancreatic islet %A Yau, B. %A Naghiloo, S. %A Diaz-Vegas, A. %A Carr, A. V. %A Van Gerwen, J. %A Needham, E. J. %A Jevon, D. %A Chen, S. Y. %A Hoehn, K. L. %A Brandon, A. E. %A Macia, L. %A Cooney, G. J. %A Shortreed, M. R. %A Smith, L. M. %A Keller, M. P. %A Thorn, P. %A Larance, M. %A James, D. E. %A Humphrey, S. J. %A Kebede, M. A. %B Iscience %V 24 %8 Oct %G eng %M WOS:000713819900003 %] 103099 %R 10.1016/j.isci.2021.103099 %0 Journal Article %J Proteomics %D 2019 %T Identification and Quantification of Proteoforms by Mass Spectrometry %A L.V Schaffer %A R.J Millikin %A R.M Miller %A L.C Anderson %A R.T Fellers %A Y. Ge %A N.L Kelleher %A R.D LeDuc %A X. Liu %A S.H Payne %A L. Sun %A P.M Thomas %A T. Tucholski %A Z. Wang %A S. Wu %A Z. Wu %A D. Yu %A M.R Shortreed %A L.M Smith %B Proteomics %G eng %U https://scholar.google.com/scholar?hl=en&as_sdt=0%2C50&q=Identification+and+Quantification+of+Proteoforms+by+Mass+Spectrometry&btnG= %0 Journal Article %J Nature genetics %D 2018 %T EBS is a bivalent histone reader that regulates floral phase transition in Arabidopsis %A Z. Yang %A S. Qian %A R.N Scheid %A L. Lu %A X. Chen %A R. Liu %A X. Du %A X. Lv %A M.D Boersma %A M. Scalf %A L.M Smith %A J.M Denu %A J.Du %A X. Zhong %B Nature genetics %V 50 %G eng %N 9 %0 Journal Article %J Nature Chemical Biology %D 2018 %T How many human proteoforms are there? %A Aebersold, R. %A Agar, J. N. %A Amster, I. J. %A Baker, M. S. %A Bertozzi, C. R. %A Boja, E. S. %A Costello, C. E. %A Cravatt, B. F. %A Fenselau, C. %A Garcia, B. A. %A Ge, Y. %A Gunawardena, J. %A Hendrickson, R. C. %A Hergenrother, P. J. %A Huber, C. G. %A Ivanov, A. R. %A Jensen, O. N. %A Jewett, M. C. %A Kelleher, N. L. %A Kiessling, L. L. %A Krogan, N. J. %A Larsen, M. R. %A Loo, J. A. %A Loo, R. R. O. %A Lundberg, E. %A MacCoss, M. J. %A Mallick, P. %A Mootha, V. K. %A Mrksich, M. %A Muir, T. W. %A Patrie, S. M. %A Pesavento, J. J. %A Pitteri, S. J. %A Rodriguez, H. %A Saghatelian, A. %A Sandoval, W. %A Schluter, H. %A Sechi, S. %A Slavoff, S. A. %A Smith, L. M. %A Snyder, M. P. %A Thomas, P. M. %A Uhlen, M. %A Van Eyk, J. E. %A Vidal, M. %A Walt, D. R. %A White, F. M. %A Williams, E. R. %A Wohlschlager, T. %A Wysocki, V. H. %A Yates, N. A. %A Young, N. L. %A Zhang, B. %B Nature Chemical Biology %V 14 %P 206-214 %8 Mar %@ 1552-4450 %G eng %R 10.1038/nchembio.2576 %0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2018 %T HyPR-MS for multiplexed discovery of MALAT1, NEAT1, and NORAD lncRNA protein interactomes %A M. Spiniello %A R.A Knoener %A M.I Steinbrink %A B. Yang %A A.J Cesnik %A K.E Buxton %A M. Scalf %A D.F Jarrard %A L.M Smith %B Journal of Proteome Research %V 17 %P 3022-3038 %G eng %N 9 %0 Journal Article %J Translational Oncology %D 2018 %T Long noncoding RNAs AC009014. 3 and newly discovered XPLAID differentiate aggressive and indolent prostate cancers %A A.J Cesnik %A B. Yang %A A. Truong %A T. Etheridge %A M. Spiniello %A M.I Steinbrink %A M.L Shortreed %A B.L Frey %A D.F Jarrard %A L.M Smith %B Translational Oncology %V 11 %P 808-814 %G eng %N 3 %0 Journal Article %J Transl Oncol %D 2018 %T Long Noncoding RNAs AC009014.3 and Newly Discovered XPLAID Differentiate Aggressive and Indolent Prostate Cancers %A Cesnik, A. J. %A Yang, B. %A Truong, A. %A Etheridge, T. %A Spiniello, M. %A Steinbrink, M. I. %A Shortreed, M. R. %A Frey, B. L. %A Jarrard, D. F. %A Smith, L. M. %B Transl Oncol %V 11 %P 808-814 %8 Jun %@ 1936-5233 %G eng %R 10.1016/j.tranon.2018.04.002 %0 Journal Article %J Biomaterials %D 2016 %T Proteomic analysis of naturally-sourced biological scaffolds %A Li, Q. Y. %A Uygun, B. E. %A Geerts, S. %A Ozer, S. %A Scalf, M. %A Gilpin, S. E. %A Ott, H. C. %A Yarmush, M. L. %A L. M. Smith %A Welham, N. V. %A Frey, B. L. %B Biomaterials %V 75 %P 37-46 %8 Jan %@ 0142-9612 %G eng %] Ber s, 1995, journal of cell biology, v131, p1083 %R 10.1016/j.biomaterials.2015.10.011 %0 Journal Article %J PLoS Genet %D 2016 %T The Transcription Factor Nfatc2 Regulates β-Cell Proliferation and Genes Associated with Type 2 Diabetes in Mouse and Human Islets %A Keller, M. P. %A Paul, P. K. %A Rabaglia, M. E. %A Stapleton, D. S. %A Schueler, K. L. %A Broman, A. T. %A Ye, S. I. %A Leng, N. %A Brandon, C. J. %A Neto, E. C. %A Plaisier, C. L. %A Simonett, S. P. %A Kebede, M. A. %A Sheynkman, G. M. %A Klein, M. A. %A Baliga, N. S. %A Smith, L. M. %A Broman, K. W. %A Yandell, B. S. %A Kendziorski, C. %A Attie, A. D. %B PLoS Genet %V 12 %G eng %N e1006466 %0 Journal Article %J Chemistry of Materials %D 2012 %T In situ Synthesis of Oligonucleotide Arrays on Surfaces Coated with Crosslinked Polymer Multilayers %A Broderick, A. H. %A Lockett, M. R. %A Buck, M. E. %A Yuan, Y. %A L. M. Smith %A Lynn, D. M. %B Chemistry of Materials %V 24 %P 938-945 %8 Mar %@ 0897-4756 %G English %9 Article %2 PMC3352262 %R 10.1021/cm202720q %0 Journal Article %J Environmental Science & Technology %D 2011 %T Hydroxycarboxylic Acid-Derived Organosulfates: Synthesis, Stability, and Quantification in Ambient Aerosol %A Olson, Corey N. %A Galloway, Melissa M. %A Yu, Ge %A Hedman, Curtis J. %A Lockett, Matthew R. %A Yoon, T. P. %A Stone, Elizabeth A. %A L. M. Smith %A Keutsch, F. N. %B Environmental Science & Technology %V 45 %P 6468-6474 %8 Aug %G eng %R 10.1021/es201039p %F ISI 2011 08 10 %0 Journal Article %J Plos One %D 2011 %T Sequence-Specific Capture of Protein-DNA Complexes for Mass Spectrometric Protein Identification %A Wu, C. H. %A Chen, S. Y. %A Shortreed, M. R. %A Kreitinger, G. M. %A Yuan, Y. %A Frey, B. L. %A Zhang, Y. %A Mirza, S. %A Cirillo, L. A. %A Olivier, M. %A L. M. Smith %B Plos One %V 6 %8 Oct %@ 1932-6203 %G eng %2 PMC3197616 %] e26217 %R 10.1371/journal.pone.0026217 %0 Journal Article %J Molecular Cell %D 2011 %T Sirt3 Promotes the Urea Cycle and Fatty Acid Oxidation during Dietary Restriction %A Hallows, William C. %A Yu, Wei %A Smith, Brian C. %A Devires, Mark K. %A Ellinger, James J. %A Someya, Shinichi %A Shortreed, Michael R. %A Prolla, Tomas %A Markley, John L. %A L. M. Smith %A Zhao, Shimin %A Guan, Kun-Liang %A Denu, John M. %B Molecular Cell %V 41 %P 139-149 %8 Jan %G eng %2 PMC3101115 %R 10.1016/j.molcel.2011.01.002 %F ISI 2011 03 18 %0 Journal Article %J Biomedical Microdevices %D 2007 %T Lectin-modified microchannels for mammalian cell capture and purification %A Zheng, Ting %A Yu, Hongmei %A Alexander, Caroline M. %A Beebe, David J. %A L. M. Smith %B Biomedical Microdevices %V 9 %P 611-617 %8 Aug %G eng %R 10.1007/s10544-007-9074-2 %F ISI 2007 09 14 %0 Journal Article %J Plant Physiology %D 2005 %T Tripeptidyl peptidase II. An oligomeric protease complex from Arabidopsis %A Book, A. J. %A Yang, P. Z. %A Scalf, M. %A L. M. Smith %A Vierstra, R. D. %B Plant Physiology %V 138 %P 1046-1057 %8 Jun %G eng %2 PMC1150419 %R 10.1104/pp.104.057406 %F ISI 2005 week 28 %0 Journal Article %J Biopolymers %D 2004 %T Invasive cleavage reactions on DNA-modified diamond surfaces %A Lu, M. C. %A Knickerbocker, T. %A Cai, W. %A Yang, W. S. %A Hamers, R. J. %A L. M. Smith %B Biopolymers %V 73 %P 606-613 %8 Apr 5 %G eng %R 10.1002/bip.20007 %F ISI 2004 week 20 %0 Journal Article %J Nature Materials %D 2002 %T DNA-modified nanocrystalline diamond thin-films as stable, biologically active substrates %A Yang, W. S. %A Auciello, O. %A Butler, J. E. %A Cai, W. %A Carlisle, J. A. %A Gerbi, J. %A Gruen, D. M. %A Knickerbocker, T. %A Lasseter, T. L. %A Russell, J. N. %A L. M. Smith %A Hamers, R. J. %B Nature Materials %V 1 %P 253-257 %8 Dec %G eng %R 10.1038/nmat779 %F ISI 2003 week 15 %0 Journal Article %J Materials Research Society Symposium Proceedings %D 2002 %T Preparation and electrochemical characterization of DNA-modified nanocrystalline diamond films %A Yang, Wensha %A Auciello, Orlando %A Butler, James E. %A Cai, Wei %A Carlisle, John A. %A Gerbi, Jennifer E. %A Gruen, Dieter M. %A Knickerbocker, Tanya %A Lasseter, Tami L. %A Russell, John N., Jr. %A L. M. Smith %A Hamers, R. J. %B Materials Research Society Symposium Proceedings %V 737 %@ 0272-9172 %G English %R 10.1557/PROC-737-F4.4 %0 Journal Article %J Electrophoresis %D 1996 %T Automatic matrix determination in four dye fluorescence-based DNA sequencing %A Yin, Z. B. %A Severin, J. %A Giddings, M. C. %A Huang, W. A. %A Westphall, M. S. %A L. M. Smith %B Electrophoresis %V 17 %P 1143-1150 %8 Jun %@ 0173-0835 %G eng %R 10.1002/elps.1150170626