%0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2019 %T Global Identification of Post-Translationally Spliced Peptides with Neo-Fusion %A Rolfs, Z. %A Solntsev, S. K. %A Shortreed, M. R. %A Frey, B. L. %A Smith, L. M. %B Journal of Proteome Research %V 18 %P 349-358 %8 Jan %@ 1535-3893 %G eng %R 10.1021/acs.jproteome.8b00651 %0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2018 %T Enhanced Global Post-translational Modification Discovery with MetaMorpheus %A Solntsev, S. K. %A Shortreed, M. R. %A Frey, B. L. %A Smith, L. M. %B Journal of Proteome Research %V 17 %P 1844-1851 %8 May %@ 1535-3893 %G eng %R 10.1021/acs.jproteome.7b00873 %0 Journal Article %J Analytical Chemistry %D 2018 %T Expanding Proteoform Identifications in Top-Down Proteomic Analyses by Constructing Proteoform Families %A Schaffer, L. V. %A Shortreed, M. R. %A Cesnik, A. J. %A Frey, B. L. %A Solntsev, S. K. %A Scalf, M. %A Smith, L. M. %B Analytical Chemistry %V 90 %P 1325-1333 %8 Jan %@ 0003-2700 %G eng %R 10.1021/acs.analchem.7b04221 %0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2018 %T ProForma: A Standard Proteoform Notation %A Leduc, R. D. %A Schwammle, V. %A Shortreed, M. R. %A Cesnik, A. J. %A Solntsev, S. K. %A Shaw, J. B. %A Martin, M. J. %A Vizcaino, J. A. %A Alpi, E. %A Danis, P. %A Kelleher, N. L. %A Smith, L. M. %A Ge, Y. %A Agar, J. N. %A Chamot-Rooke, J. %A Loo, J. A. %A Pasa-Tolic, L. %A Tsybin, Y. O. %B Journal of Proteome Research %V 17 %P 1321-1325 %8 Mar %@ 1535-3893 %G eng %R 10.1021/acs.jproteome.7b00851 %0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2018 %T Proteoform Suite: Software for Constructing, Quantifying, and Visualizing Proteoform Families %A Cesnik, A. J. %A Shortreed, M. R. %A Schaffer, L. V. %A Knoener, R. A. %A Frey, B. L. %A Scalf, M. %A Solntsev, S. K. %A Dai, Y. X. %A Gasch, A. P. %A Smith, L. M. %B Journal of Proteome Research %V 17 %P 568-578 %8 Jan %@ 1535-3893 %G eng %R 10.1021/acs.jproteome.7b00685 %0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2018 %T Ultrafast Peptide Label-Free Quantification with FlashLFQ %A Millikin, R. J. %A Solntsev, S. K. %A Shortreed, M. R. %A Smith, L. M. %B Journal of Proteome Research %V 17 %P 386-391 %8 Jan %@ 1535-3893 %G eng %R 10.1021/acs.jproteome.7b00608