%0 Journal Article %J Genome Biology %D 2022 %T Enhanced protein isoform characterization through long-read proteogenomics %A Miller, R. M. %A Jordan, B. %A Mehlferber, M. M. %A Jeffery, E. D. %A Chatzipantsiou, C. %A Kaur, S. %A Millikin, R. J. %A Dai, Y. X. %A Tiberi, S. %A Castaldi, P. J. %A Shortreed, M. R. %A Luckey, C. J. %A Conesa, A. %A Smith, L. M. %A Mays, A. D. %A Sheynkman, G. M. %B Genome Biology %V 23 %8 Mar %@ 1474-760X %G eng %M WOS:000764049100002 %] 69 %R 10.1186/s13059-022-02624-y %0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2016 %T Human Proteomic Variation Revealed by Combining RNA-Seq Proteogenomics and Global Post-Translational Modification (G-PTM) Search Strategy %A Cesnik, A. J. %A Shortreed, M. R. %A Sheynkman, G. M. %A Frey, B. L. %A Smith, L. M. %B Journal of Proteome Research %V 15 %P 800-808 %8 Mar %@ 1535-3893 %G eng %R 10.1021/acs.jproteome.5b00817 %0 Book Section %D 2016 %T Proteogenomics: Integrating Next-Generation Sequencing and Mass Spectrometry to Characterize Human Proteomic Variation %A Sheynkman, G. M. %A Shortreed, M. R. %A Cesnik, A. J. %A Smith, L. M. %E Bohn, P. W. %E Pemberton, J. E. %S Annual Review of Analytical Chemistry %I Annual Reviews %C Palo Alto %V 9 %P 521-545 %@ 1936-1327
978-0-8243-4409-2 %G English %M WOS:000379328100023 %R 10.1146/annurev-anchem-071015-041722 %0 Journal Article %J PLoS Genet %D 2016 %T The Transcription Factor Nfatc2 Regulates β-Cell Proliferation and Genes Associated with Type 2 Diabetes in Mouse and Human Islets %A Keller, M. P. %A Paul, P. K. %A Rabaglia, M. E. %A Stapleton, D. S. %A Schueler, K. L. %A Broman, A. T. %A Ye, S. I. %A Leng, N. %A Brandon, C. J. %A Neto, E. C. %A Plaisier, C. L. %A Simonett, S. P. %A Kebede, M. A. %A Sheynkman, G. M. %A Klein, M. A. %A Baliga, N. S. %A Smith, L. M. %A Broman, K. W. %A Yandell, B. S. %A Kendziorski, C. %A Attie, A. D. %B PLoS Genet %V 12 %G eng %N e1006466 %0 Journal Article %J Journal of Proteome Research %D 2015 %T Global Identification of Protein Post-translational Modifications in a Single-Pass Database Search %A Shortreed, M. R. %A Wenger, C. D. %A Frey, B. L. %A Sheynkman, G. M. %A Scalf, M. %A Keller, M. P. %A Attie, A. D. %A L. M. Smith %B Journal of Proteome Research %V 14 %P 4714-4720 %8 Nov %@ 1535-3893 %G eng %R 10.1021/acs.jproteome.5b00599 %0 Journal Article %J Molecular & Cellular Proteomics %D 2013 %T Discovery and Mass Spectrometric Analysis of Novel Splice-junction Peptides Using RNA-Seq %A Sheynkman, G. M. %A Shortreed, M. R. %A Frey, B. L. %A L. M. Smith %B Molecular & Cellular Proteomics %V 12 %P 2341-2353 %8 Aug %@ 1535-9476 %G English %9 Article %R 10.1074/mcp.O113.028142